Việc triển khai mô hình chính quyền hai cấp từ ngày 1/7 đã gặp nhiều khó khăn đối với các phòng kinh tế cấp xã trong xử lý các thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực công thương. Sự chuyển đổi này đòi hỏi sự thích nghi và điều chỉnh của các cán bộ cấp xã trong việc xử lý các thủ tục hành chính, tuy nhiên nhiều cán bộ thừa nhận còn lúng túng và thiếu chuyên môn cũng như công cụ triển khai.

Theo ghi nhận, một số nơi chưa thể tiếp nhận hồ sơ do chậm mở tài khoản ngân sách, thiếu kế toán trưởng hoặc chưa có người phụ trách đúng chuyên ngành. Điều này cho thấy sự thiếu chuẩn bị và hạn chế trong năng lực của các cán bộ cấp xã khi thực hiện các nhiệm vụ mới.
Trước những khó khăn trên, Bộ trưởng Bộ Công Thương Nguyễn Hồng Diên đã có những chia sẻ. Ông cho rằng chức năng, nhiệm vụ của phòng kinh tế hạ tầng cấp xã phải thực hiện là rất lớn và không tránh khỏi sự lúng túng và vướng mắc trong giai đoạn đầu. Để hỗ trợ các địa phương, Bộ Công Thương đã thành lập tổ công tác chuyên trách, thiết lập đường dây nóng và tổ chức tập huấn trực tuyến cho cán bộ công thương cấp xã, phường và đặc khu.
Bộ Công Thương cũng đã biên soạn hệ thống tài liệu hướng dẫn và cập nhật lên Cổng thông tin của Bộ và Cổng Dịch vụ công quốc gia. Những nỗ lực này của Bộ Công Thương nhằm cung cấp thông tin và hướng dẫn cần thiết cho các cán bộ cấp xã trong việc thực hiện nhiệm vụ mới.
Tuy nhiên, việc tiếp nhận và thực thi nhiệm vụ ở cấp xã vẫn còn những điểm nghẽn, bao gồm cả khó khăn về kỹ thuật và nhân lực. Để khắc phục những vấn đề này, Bộ Công Thương cho biết sẽ tiếp tục cử lãnh đạo các Cục, Vụ xuống 34 tỉnh, thành phố để phối hợp tháo gỡ khó khăn. Đồng thời, Bộ yêu cầu các Sở Công Thương địa phương rà soát và đào tạo lại đội ngũ cán bộ công thương cấp xã, nhằm giúp họ nâng cao năng lực và đáp ứng yêu cầu của nhiệm vụ mới.